Слово «подонок» изначально существовало исключительно во множественном числе. Так «подонками» называли остатки жидкости, остававшейся на дне вместе с осадком.

А поскольку по трактирам и кабакам частенько шлялся всякий сброд, допивающий мутные остатки алкоголя за другими посетителями, то вскоре слово «подонки» перешло на них.

Возможно также, что немалую роль сыграло здесь и выражение «подонки общества», то есть, люди опустившиеся, находящиеся на дне.